Il film inizia quando Patchy il Pirata (in veste di capitano) e Potty trovano insieme alla loro ciurma un baule che contiene i biglietti per “SpongeBob – Il film”.
Si recano tutti al cinema con la loro nave e occupano i posti in prima fila. Comincia la storia.
La storia inizia quando SpongeBob sogna di essere il manager del Krusty Krab. Appena si sveglia si dirige verso il locale dove Mr. Krabs aprirà un nuovo locale Krusty Krab 2, e dovrà decidere chi ne sarà il direttore.
Spongebob è convinto che sarà lui a essere scelto, per la sua assoluta dedizione al lavoro, ma gli viene preferito Squiddy poiché è più grande di lui. Nel frattempo Plankton è frustrato dal successo del suo concorrente Krabs, e attua un piano per rovinarlo e impossessarsi della ricetta del famoso panino Krabby Patty: ruba la corona di Re Nettuno e fa ricadere la colpa su mr. Krabs.
Quando l’impulsivo Re Nettuno, infuriato, sta per giustiziare mr. Krabs, appare SpongeBob, stordito dopo che per attenuare la delusione aveva mangiato insieme a Patrick un’infinità di gelati nel suo locale preferito, Goofy Goober. Anziché intervenire scagionando mr. Krabs, si prende la rivincita facendogli una pernacchia in faccia.
Quando però capisce che il suo capo rischia la vita, prega Re Nettuno che gli dia la possibilità di ritrovare la sua corona. Il re, convinto anche da sua figlia, la principessa Mindy, accetta e gli da sei giorni di tempo per portare a termine la missione, nel frattempo mr. Krabs resterà congelato nel Krusty Krab.
La principessa da anche degli utili consigli a Spongebob e Patrick che partiranno per Shell City, un posto da dove nessuno è mai tornato.